住房公积金大额资金管理按照有利于资金安全、有利于资金增值、有利于风险防控的原则的管理原则，坚持管委会决策、管理中心负责运作的方式，实行集体决定、统一管理、权责明确、分层把关、逐级落实。具体管理办法如下：
一是确定管理范围及额度。住房公积金大额度资金的管理，包括管理运行过程中资金账户的设置和大额资金的调度、划转及存放。所谓大额度资金，是指单笔金额在50万元以上（含50万元）的资金在管理中心及各管理部间的财务账目调整、银行账户之间的转账或跨银行之间的资金划转及转存定期存款。
二是严格决策程序和管理权限。按照管委会统一决策和管理中心负责运作的要求，住房公积金委托银行的确定和资金账户的设置，必须经管委会决定，由管理中心报经财政和人民银行批准，然后再由管理中心负责实施。
住房公积金大额度资金的调度和存放，必须严格按照《受托银行住房公积金业务办理质量考核办法》的规定，根据全市住房公积金总体运行情况和受托银行的委贷规模、提取总量、归集数额和业务质量，确定资金的调度和存放及该银行的住房公积金资金存量。住房公积金大额度资金的调度和存放的管理报批程序：需要调度调节资金的管理部应当及时向市中心申请调度资金，经申请管理部加盖公章后，报送市中心财务科审查；市中心财务科接到管理部的资金调度申请后，根据该管理部的最新资金状况进行审查，审查完成后,将审查结果及审查意见按程序报送审核审批；按审批程序报批同意后，由市中心财务科根据最终审批意见，通知管理部办理资金划转或存放手续；市中心财务计划科应当根据全市住房公积金总体运行情况，对资金配置进行总体安排规划，适时提出资金调度、划转、存放意见申请，按程序报送审批同意后，依据审批意见下发资金调度通知，再由管理部根据通知办理资金调度、划转及存放手续。
三是严格资金账户设置、划转和存放的监管。住房公积金委托银行的确定和资金账户的设置，由市财政局、市审计局和人民银行丽江市分行负责监管；各管理部要严格按照申请资金调度时提出的使用方向，做到专款专用，不得擅自挪作他用；财务计划科和各管理部应当将资金调度审批意见、资金调度通知书及使用情况一并纳入会计凭证，以备核查；市中心财务人员及管理部出纳要认真核对资金调度情况，对未按规定程序办理的，有权拒绝进行资金划转，并将情况及时报告市中心稽核检查领导小组；管理中心稽核检查领导小组要切实履行监督职责，确保资金调度、划转、存放严格按照规定程序办理。